Tiberian Sun có ba phe phái, với chiến thuật và sức mạnh riêng biệt: Global Defense Initiative (GDI), Brotherhood of Nod (Nod), và The Forgotten (không thể chơi, phe trung lập của những người đột biến về thể chất và tinh thần bởi Tiberium). Cốt truyện của game nói về cuộc đấu tranh liên tục giữa GDI và Nod, tổ chức đang khởi động một cuộc tấn công bất ngờ trong một nỗ lực để quét sạch GDI khỏi khỏi bề mặt Trái Đất [3].

Cốt truyện của game là nối tiếp Command & Conquer gốc, sau khi kết thúc mà nhà lãnh đạo của Nod là Kane được cho là đã chết. Trong Tiberian Sun, Kane lại rời khỏi nơi ẩn náu với một lực lượng quân sự được cải tiến và các công nghệ dựa trên Tiberium, quyết tâm cai trị thế giới bằng mọi giá. Tư lệnh GDI là Michael McNeil có nhiệm vụ ngăn chặn thế giới khỏi rơi vào tay của Nod, lần này với các phương tiện dựa trên chất Tiberium ngoài Trái Đất [4].